微生物肥料與化肥之間是互補關系。用了微生物肥料可以提高化肥利用率，可減少化肥，克服了單用化肥會使土壤板結，漏水、漏肥的缺點。

在只追求產出，不追求產品質量的大宗農產品（比如玉米、小麥）種植地塊，生物有機肥一般不宜完全代替化肥。如果僅用微生物肥或有機肥完全代替化肥，既追求產品品質，又追求產量，將使投入成本相對增高。對不追求農產品品質，只追求產量的一般大宗農產品來說，全部用成本相對較高的生物有機肥代替成本較低的化肥，成本顯得較高。這種僅用化肥，既追求產量，又希望土壤持續豐收的操作，只能在富含大量有機質的土壤中短期內有效。東北黑土長期只用化肥，同時焚燒秸稈，導致黑土也會沙化就是明顯的例子。

如果考慮農田的持續發展，一般農產品使用的肥料最好是化肥、生物肥、有機肥混合使用。將微生物肥或生物有機肥用于有特殊經濟效益的農產品種植，如果樹、蔬菜、茶葉、中藥材，是一個針對性強，經濟效益好的農藝措施。既提高了產量，又保證了風味品質和有效成分。

微生物肥料的使用能夠實現化肥減量使用。化肥的當季實際利用率僅為30％～35％左右，大部分沒能被植物吸收，留在土壤里或者沖入水域中的化肥污染了環境。大宗農產品以生物有機肥為基肥，需要追肥時使用化肥，這種化肥配施生物有機肥的措施，能使化肥的利用率大為提高，一般能提高至70％左右。有固氮能力的菌株在貧氮的土壤或水域中還能有效地將大氣中的氮氣固定為氮肥，大大減少化肥的用量。生物有機肥的使用還能大幅度提高農產品質量。微生物肥的使用是實現化肥減量科學而有效的措施。